Infekce lokalizované v určitém ložisku, z něhož mohou nepříznivě ovlivňovat celý organismus. K typickým fokálním infekcím patří periapikální granulomy („váčky“), chronické tonzilitidy a sinusitidy, gynekologické a močové infekce aj. Při řadě onemocnění (roztroušená skleróza, Buergerova nemoc aj.) se předpokládá záporný vliv případné fokální infekce, které se proto aktivně vyhledávají a odstraňují.