Porucha, při které se imunitní systém zaměřuje proti tkáním a orgánům vlastního organismu. Příčina autoimunity není známá. Tato porucha má vliv na vznik řady onemocnění. Onemocnění mohou být lokalizovaná (RS, psoriáza, Graves-Basedowova choroba) nebo systémová (SLE, revmatoidní artritida, Sjögrenova choroba). Při léčbě se využívají imunosupresiva a kortikoidy.